《潜艇总动员》讲述的是两只实习小潜水艇阿力和贝贝的深海历险故事。这两个小伙伴在人类教练道哥的指导下，开始在神秘莫测的深海里执行巡逻任务。每天他俩都努力完成教练布置的各项任务，期待着有一天能够从实习生晋级为科研潜水艇。实习过程中，他们常常遇到各种险情，困难危机一次次考验着四个小伙伴的智慧和胆量，在战胜困难的过程中，他们增长了知识，积累了经验，增进了友谊，学会了合作，懂得了爱与勇气能够战胜内心的恐惧，也明白了只要肯努力，就会成功。